Consiliul de Guvernare este principalul organism de reprezentare al DANUBE FAB. Acesta reprezintă DANUBE FAB în relaţia cu terţe părţi, cu alte blocuri funcţionale de spaţiu aerian, precum şi în toate cazurile care impun o astfel de reprezentare sau coordonare. Totodată, Consiliul de Guvernare este responsabil cu adoptarea Programului Startegic al DANUBE FAB, al Planului Anual şi asigură managementul procesului de modificare al DANUBE FAB în conformitate cu capitolul 10 al Acordului la Nivel de Stat. Consiliul adoptă decizii privind înfiinţarea sectoarelor transfrontaliere şi adoptă şi propune spre avizare, autorităţilor de stat în domeniul transporturilor şi al apărării naţionale, decizii la nivel strategic privind politica spaţiului aerian DANUBE FAB.
Pe 21 februarie 2013 a avut loc la Sinaia prima reuniune a Consiliului de Guvernare DANUBE FAB. În cadrul primei reuniuni, membrii Consiliului au discutat şi adoptat o serie de decizii importante pentru buna funcţionare a DANUBE FAB. Printre acestea menţionăm Regulile de Procedură ale Consililului de Guvernare, Regulile de Procedura ale Airspace Policy Body etc. S-a stabilit ca următoarea reuniune să aibă loc în Bulgaria, în toamna anului 2013.